Le capitaine indien de l'Erika, le propriétaire italien du navire, la société Panship, chargée de sa gestion technique, et l'un de ses dirigeants, trois responsables de la préfecture maritime de Brest, la société de classification italienne Rina et l'un de ses cadres, ainsi que le directeur-adjoint du CROSS-ETEL se sont tour à tour vu notifier leur mise en examen (inculpation) dans ce dossier.

L'enquête n'est pas achevée pour autant: la magistrate attend encore le rapport définitif des experts et poursuit ses investigations pour déterminer si l'éventuelle responsabilité pénale de l'affréteur du navire, le groupe français TotalFina, doit être retenue.

Trois jours seulement après le naufrage, le 12 décembre 1999, le capitaine indien du navire, Karun Mathur, est mis en examen et écroué pour "pollution maritime et mise en danger de la vie d'autrui". Le capitaine, qui assure "avoir tout fait pour sauver son équipage et le navire", sera finalement remis en liberté une semaine plus tard.

Le 17 avril, le parquet de Paris élargit l'enquête au chef d'"abstention volontaire de provoquer les mesures permettant de combattre un sinistre".

Cette décision permet au juge d'enquêter non seulement sur les causes de la catastrophe mais également sur d'éventuels dysfonctionnements dans la gestion de ce naufrage entre le premier message d'alerte de l'Erika, samedi 11 décembre 1999 à la mi-journée, et le moment où le navire se casse en deux, dimanche matin.

Quelques jours plus tard, le propriétaire de l'Erika, Giuseppe Savarese, la société Panship et l'un de ses responsables Antonio Pollara, sont mis en examen pour "pollution maritime et mise en danger de la vie d'autrui" et "abstention volontaire de provoquer les mesures permettant de combattre un sinistre".

Mi-mai, nouveau tournant dans l'enquête. Trois officiers de la préfecture maritime de Brest, de permanence le week-end du naufrage du pétrolier, sont mis en examen, la justice les soupçonnant de négligences lors de l'accident.

Jean-Lou Velut, commissaire (officier responsable de l'administration et de la comptabilité dans les armées) chargé de l'action de l'Etat en mer, Eric Geay, capitaine de frégate, et Michel de Fresse de Monval, capitaine de vaisseau, sont poursuivis pour "abstention volontaire de prendre les mesures permettant de combattre un sinistre".

Le ministère français de la Défense précise aussitôt qu'"au vu des analyses menées jusqu'à présent (...) aucun élément ne permet d'établir que les officiers aient failli dans l'exercice de leurs fonctions".

Début octobre, la société de classification italienne Rina, qui avait délivré un certificat de navigabilité à l'Erika et dont cinq responsables avaient été entendus mi-février en Italie par Mme de Talancé, est mise en examen en tant que personne morale, pour "mise en danger de la vie d'autrui". Un responsable de la société est également mis en examen.

Fin octobre, le directeur-adjoint du Centre régional opérationnel de surveillance et de sauvetage de la région est à son tour poursuivi pour "abstention de prendre les mesures permettant de combattre un sinistre".